例えば大糸線の南小谷駅はJR東日本と西日本の境になるそうですが、こういうJRの会社が変わる駅では車両は変わりのでしょうか...|質問・相談が会員登録不要のQ&AサイトSooda!(ソーダ)

境界駅で車両が変わるとは限りませんが，国鉄時代に比べて直通する車両が減ったのも確かだと思います。特に，普通列車に関してはそうです。境界駅についてはこちらをご覧下さい。詳しく書かれています。

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%A2%83%E7%95%8C%E9%A7%85

南小谷駅の場合，電化・非電化の問題もありますが，輸送需要が南小谷以北で減少することも大きな要因と思います。JR西日本のディーゼルカーが松本まで乗り入れることもできなくはないと思いますが，その必要性がないということでしょう。これは国鉄時代と変わっていないのではないかと思います。

同じように分岐線がなく，会社間の境界で且つ電化・非電化の境界となる駅に，紀勢本線・新宮駅があります。普通列車では直通する列車はなく，JR東海の特急ワイドビュー南紀号のみが紀伊勝浦まで乗り入れています（新宮止まり・始発も1往復あります）。完全に片乗り入れで，JR西日本の（スーパー）くろしお号やオーシャンアロー号は新宮が起終点です。もっともこの運転形態も国鉄時代と変わっていないと思います。

なお，直通する定期列車がない駅として，南小谷の他に甲府，亀山が挙げられていますが，もう一つ東海道線から御殿場線が分岐する国府津駅にもありません。国鉄時代は東京発御殿場行きの急行ごてんば号という列車もありました。

JRになって，会社間の境界になったんだな，と個人的に強く感じるのは，熱海駅と米原駅です。

国鉄時代は，東京発の東海道線には沼津行きがかなりたくさんありました。今ではかなり少なくなり，熱海止まりだったり伊東行きだったりします。また，JR東日本の熱海駅はSuicaエリアですが，ひと駅静岡寄りのJR東海の函南駅はTOICAエリアです。Suica/TOICAは相互利用可ですが，熱海－函南を経る場合は使えないんですね。これも境界だと感じる事例です。

米原駅も普通列車の直通は少ないです。こちらは国鉄時代も少なかったのですが，変わったのは京阪神方面からやってきたJR西日本の新快速電車が長浜・敦賀方面へ直通するようになったことです。国鉄時代は北陸線に直通する列車はほとんどなかったのではないかと記憶しています。おかげで，大垣方面から東海道線で米原へ来て，そこから新快速に乗ると，着席できないケースがよくあります(笑)。

九州方面へのブルートレインが廃止されたのは，利用客減が一番の理由なのでしょうが，JR4社を直通することも原因の一つだったように感じます。

他社の車両が乗り入れてくると，車両使用料というものが発生します。これも乗り入れが減ってきた理由の一つではないかと思います。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E8%BB%8A%E4%B8%A1%E4%BD%BF%E7%94%A8%E6%96%99

例えば，岡山と高松を結ぶ快速マリンライナーは，当初JR西日本の車両のみが使われていました。しかし，車両置き換えのときに，JR四国も自社車両を保有するようになりました。車両使用料の問題があったと言われています。

回答者：AKKUN (質問から4日後)
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