私自身がたまに二重投稿になってしまうことがあるのですが、大半の質問者はひとつに満足度5を付け、その回答に対するお礼コメント欄に二重投稿になっている旨と、もうひとつの回答の方を削除して欲しいとのコメントを残してくださいます。
稀に二重投稿になってしまった2つの回答の両方に満足度5を付けてくださる質問者さんもいらっしゃいます。
満足度を設定せずに放置すれば、お察しの通り回答者の満足度平均(ピンク評価)で2つの回答にポイントがつくことになります。また2つの回答を3と2の評価にすれば、回答者の満足度平均はその分下がることになります。
私自身は自分の質問に二重投稿の回答が付いた経験がないのですが、たまに二重投稿になってしまう回答者の立場から言わせていただけば、2つの回答を評価3と2で分けることをせず、前述のように片方のみ評価を設定し、もうひとつを削除するよう言っていただいた方がありがたいです。
質問者の立場として想定で言わせていただくなら、自身の経験上から二重投稿は故意ではないと思うので、ひとつの回答に評価を設定し、もうひとつの回答は放置とするか、片方を削除していただくようにコメントを残すかのどちらかにします。