レストラン側も苦手やアレルギーに関しては敏感なので、必ず聞くはずです。好き嫌いレベルであれば対した問題ではありませんが、アレルギーとなると下手をすれば命に関わります。よって、お店で苦手な食べ物と聞かれたらちゃんと答えるのも客のマナーと思います。
だって、店としたって好きでない、美味しいとも思わないものを食べてもらいたくないという料理人の心を客も理解すべきです。
===補足===
微細な人参や筍その他食材の話であれば、店に人間にそれらの入っていない料理を聞いてみるのも一つの手ですね。「これ食べたいけど、あれ入れないで、これ入れないで」では、別な料理になってしまいます。それはお客としても失格。即退場ものです。もっとも料理人はそんなことは言いませんけど、腹の中では思っています。
でも、本当に料理人がうれしいのはお客の満足する顔なのだそうです。貴方の言いたいことも判りますし、いい加減我儘な人間がいるのも判ります。まあ、料理人と同じにまた始まった、諦観せざるを得ないでしょうね。その人が気づくまで変わりませんから。