出発地と目的地からの空港や駅の距離にもよりますが、羽田は意外に都心から遠いので、新幹線の方が山手線と連絡していて便利だし、飛行機の待ち時間も考えると総移動時間は大して変わらず、徒歩の総移動距離は新幹線の方が短いように思えます。また、新幹線の方が定刻につく信頼性が高いですし、万一遅れたり逆に早めたりする融通も利きやすいです。また、新幹線の切符は到着後のJR線の東京都内でどこでも降りれるようになります。
ビジネス利用には数段、新幹線の方が適していると思います。
観光や個人の旅行ではそれほどどちらも大差ないと思います。