質問

路線や区間によって線路の持ち主（鉄道会社）が決まっています。
運賃はその線路の持ち主のものですので、相互乗り入れしていてる場合、実際の乗車区間によって運賃は分けられ、それぞれの会社の収入になります。

相互乗り入れしている線路をJRや他の私鉄会社、地下鉄の車両が走っていても、それはJRや私鉄、地下鉄などの他の鉄道会社がその鉄道会社に車両を貸しているということになります。
この場合、A社の車両がB社の路線内を走る距離と、その逆の場合の距離をほぼ等しくなるようにして費用を相殺しています。

運賃は各々の区間運賃を合算した金額になります。
（乗継割引が適用されます。）

首都圏で線路を2社で共有している区間は、「目黒～白金高輪」（東京メトロと都営地下鉄）などほんの少数です。
目黒～白金高輪の場合、東京メトロが線路の所有者（第1種）で、都営地下鉄は東京メトロから線路や施設を借りて営業している（第2種）ことになります。
この区間内のみ乗車する際は、どちらの券売機で買った乗車券でも乗車できますが、
運賃は「安い方」となっていますので、東京メトロと同額の160円です。
運賃収入は東京メトロと都営地下鉄で合意した比率で分けられます。
また、白金高輪からメトロ南北線方面へまたがる時は東京メトロ、都営三田線方面へまたがる時は都営地下鉄の運賃体系が適用され、それぞれの事業者の運賃収入となりますが、別途、東京都から東京メトロに設備使用料が支払われます。

• 回答者：プッチャン (質問から5時間後)
• 1

各区間ごとに､運賃を割り振ると聞いたことがあります。

• 回答者：respondent (質問から3時間後)
• 0

乗車料金は按分されます。

• 回答者：マッキー (質問から2時間後)
• 0

発券機の持ち主（収入の得た会社）、乗車駅、降車駅は切符により判りますし、線路、駅等の維持管理をどちらの会社で行っているか、電気料金をどちらで支払っているか、列車の運行数等を加味して按分せていると思います。

• 回答者：いのっち (質問から43分後)
• 1

運行距離にも関係してきますが、色々な場合があり、線路の利用料、車両の利用料なども含んで協定ができています。
ここで説明するほどの力もないですし、スペースもないですから、「連絡運輸協定」もしくは「連絡運輸」で検索をかけてみてください。

更にわからなくなりそうですけど・・・

• 回答者：トンネルの向こうのぽにょ (質問から25分後)
• 1

発券機、発券箇所が配分はいいです。なによりも売り上げた場所には恩恵があるのは市場原理ですので。
ちなみに青森県内のＪＲでＪＲ北海道の旅券を買うと青森県内のＪＲ東日本に若干、配分がされます。

• 回答者：ナヲ (質問から17分後)
• 1

場所によって異なります。総金額から、運行量に応じて分配しているところもあ
ります。

• 回答者：たか (質問から16分後)
• 1

会社によっては、切符に「○○社乗車分：\xxx」と明確に記載されているケースがあります。
そういったケースでは、後できちんと乗車料金を案分しているんでしょう。
その他のケースは・・・正直よく分かりません。

• 回答者：あめま (質問から14分後)
• 1

連絡切符で買った場合はしっかり各社運賃が入るようになってます。
じゃないと大変ですよね。
ただで乗せるのは会社として成り立たなくなるので。
間違えて連絡で買ってなくても着駅で処理した時点でしっかり運賃は計算されて
間違いないように各社に入ります。
スイカやパスモもそうなてますよね。

• 回答者：Sooda! ちゃん (質問から12分後)
• 0

たぶん券売機で買ったほうに入るのでしょうね。
買ってもらえず利用されたほうはなんだか損した気分ですね。

• 回答者：だね (質問から8分後)
• 1

発券機の収益と考えるので、発券機がどちらの会社のかで決まると思います。

• 回答者：お助けマン (質問から2分後)
• 1