質問

おそらくOSはWindowsだろうという前提で・・・

リカバリーディスクとはパソコンを購入時の状態に復元するためのディスクです。↓
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%AA%E3%82%AB%E3%83%90%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%83%87%E3%82%A3%E3%82%B9%E3%82%AF

リカバリーディスクを作成するには（富士通、SONYなどといった）メーカーのパソコンでは専用の作成システムが入っていて、説明書にも作成方法が書いてあるはずです。そのため、リカバリーディスク作成ではそもそも「ライブラリ」内等に後から作成したデータはまったくバックアップされません。
また、リカバリーディスクを作成する手順の中でDVD-Rだったら何枚必要かということを、指定されると思います。その枚数は、質問者の方がなくしてしまったディスクの枚数と同じになるはずです。（私が持っているパソコンだと4枚のDVD-Rを要求されました）

ですので、色々なデータが入っていようといまいと、説明書に従えば「初期化するためのリカバリーディスクを作成することは可能」です。

※逆に購入後にインストールしたアプリケーションやデータが入っている状態まるごとそのものを記録するには「バックアップソフト」という別のものが必要です。

リカバリーディスク作成とバックアップを混同しているような質問文に見えたので、このような説明としました。間違っていたらすみません。

===補足===
>もうだいぶ使っていて、設定の変わっているパソコンでリカバリー
>ディスクを作るとしても、購入時に即作成するとしても同様のもの
>を作れるということでしょうか？
リカバリーディスク作成では初期状態以降で作成したファイルは関係ありません。
よって、これに関してはPCが壊れていない限り「できます」。
※ただし、以下で言うように「壊れていない状態のパソコンBで」作成したリカバリーディスクに限ります。

気になることは以下の二点ですね。
一点目：
↓の「別のPCで作成したリカバリーディスクを使用すること」です。
>・別のパソコンのバックアップでも大丈夫でしょうか？
http://oshiete.goo.ne.jp/qa/4790808.html
http://oshiete.goo.ne.jp/qa/7796895.html
↑のページで色々な方がおっしゃっているように、OSのライセンス（法的な問題）とドライバ（技術的な問題）のため「通常不可能」です。
ドライバに関しては、パソコンAだと内部構造が物理的に異なるパソコンB用のドライバは入れられないためです。
※パッケージ版Windowsのインストールをする場合にも、ドライバが足りないために、インストールディスクに必要なドライバを組み込んだ別のディスクを作成する場合もあります。

ライセンスに関しては、「OS　OEM版」などの単語で調べてみてください。例↓
http://direct.pc-physics.com/os-package-oem-dsp.html

二点目：
Thinkpad lenovo x60で検索したところWindowsXPしか検索にかかりませんでした。Windows 7は後からインストールしたものでしょうか？
もし、パソコンB用のWindows7ディスクがあるのなら、リカバリーではなくOSのクリーンインストールができるはずなのですが・・・。
（なければ新たなパッケージ版Windowsを買う（爆））

色々想像が混じっているのでここまでです。すみません…。

• 回答者：匿名 (質問から10時間後)
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最近のマシンでリカバリーディスクが付属するのはDELLぐらいなものではないでしょうか。そもそも付属されていないと言った方が正しいでしょう。匿名さんが書いている通り、オリジナルのリカバリーディスク作製ソフトは初期状態に戻すだけなので、画像やムービーと言ったデータはすべて削除されます。また、バックアップソフトを使うのはいまの調子悪いシステムをそのまま保存するだけなので、何の解決にもなりません。
外部ハードディスクを設置して、消えては困るデータをそちらに移し、パソコンの説明書に従って起動時に何らかのキーを押しながら電源を入れるとリカバリモードになるはずです。
もう一度マニュアルを読み返しましょう。

===補足===
そのようなことは基本的に構成部品が違うので、互換性はありません。ましてやデスクトップのものをノートPCに使おうとしたって、BIOSレベルではねられます。
X60でしたら、サイト上にリカバリーメディアの作り方が欠かれています。参照してください。

http://support.lenovo.com/ja_JP/research/hints-or-tips/detail.page?&LegacyDocID=MIGR-74040

それから、遠隔操作を受けている可能性と書かれていますが、どのように判断なさったのでしょうか？自分からしたらマルウェアに感染していてバックドアを開けられたのだろうと類推します。この場合リカバリーすれば脅威から遠ざかる可能性もありますが、バックドアの相手先が強烈で本体のMACアドレス（説明は割愛します）が相手先のデータベースに入ってしまっていると、リカバリーしてネットにつないだ瞬間にすでに割り振られているMACアドレスに飛び込んでくるといった事例も経験しています。この場合はもうマシンを諦めるか、ネットへの接続方法を変更する（内部ネットワーク機器を使用しない）しかありません。

• 回答者：ごーすけ (質問から16時間後)
• 5

HDDの現在の容量が不明ですが、DVDを複数枚使えばHDDの容量に関係なくバックアップできますし、アプリ（市販がいいと思う）を使えばバックアップ手段を選べるはずです。（丸ごととかデータだけとか。）
　あと、DVDディスクは文面からメーカ不明のようですが、短期間だから大丈夫だと思いますがバックアップのように重要なものを扱う場合は国産の大手メーカがいいと思います。（DVDに焼いた後に読めることを確認。）

===補足===
まとめるとこんな感じかな…。

・リカバリ・ディスクを作るマシン⇒PC-A：Thinkpad lenovo x60
　データ多数
・リカバリしたいマシン⇒PC-B：？
　ネットに繋がって常時運用。
・PC-Bをリカバリしたいが、オンラインで運用中だから別PCで作りたい。
・PC-Aに動画等の多量のデータはあるが、削除してPCの負荷が軽くなるなら構わない。
・２台のPCの型番は別。PC-A ≠ PC-B
・OSはどちらもWin7。

　２台のPCの型番は別を決めつけましたが、もしこの通りならムリだと思います。逆に言えば２台のPCが全く同じなら可能です。
　そもそもリカバリ・ディスクって、そのPCを工場出荷時状態に戻すためにHDD内にある不可視領域に圧縮したデータを入れておいて、専用アプリでそのデータをDVDに書き写すだけなので、機種が違うとダメです。
　メーカーによってはDVDを作らなくても初期状態にできるようにしているところもありますが、x60はDVDを作る必要があるみたいです。下記のようにググったリストの２段目のPDFのp.25に記載があります。（取説のDLは無いようですが、メーカーに問い合わせれば購入できるかもしれません。）

http://www.google.co.jp/search?hl=ja&source=hp&q=Thinkpad+lenovo+x60+%E5%8F%96%E6%89%B1%E8%AA%AC%E6%98%8E%E6%9B%B8&gbv=2&oq=Thinkpad+lenovo+x60+%E5%8F%96%E6%89%B1%E8%AA%AC%E6%98%8E%E6%9B%B8&gs_l=heirloom-hp.3...1584.16316.0.17046.26.5.3.18.0.0.168.664.0j5.5.0....0...1ac.1.23.heirloom-hp..21.5.478.SUX8MEQbTpU

• 回答者：迷人 (質問から10時間後)
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