我が家は、血の繋がった兄弟も義理の兄弟も一律3万円をお祝いとしてやりとりしています。
相談者さんがご出産された時は義理の妹さんは独身だったため金額が少なかったのは多めにみてあげて、義理の妹さんがご出産された今回に関しては、相談者さんは結婚し世帯を持っていて、加えて兄・姉の立場ですから、一般の平均額である2~3万を包むのが妥当かな?という気がします。
最後に・・・「お正月の帰省で会うのでお土産とお年玉を考えている」と書かれていましたが、お年玉とは義妹さんに渡すということですか?家庭の事情にとやかく言うのは良くないことですが・・・結婚し世帯を構えた義妹さんにお年玉をあげるってちょっと変わっているなぁ、と思いました。お年玉って子供にあげるもの、というイメージがあるので・・・。お年玉は渡さず、その分をきちんと出産お祝いとして包む方が良いのでは?と、ちょっと思いました。
===補足===
下のコメントで、1万か3万でお悩みになっているようですので補足です・・・
「お返しは要らないからね!」とひと言添えて2万円にしてはどうでしょうか?お祝いの金額では偶数は避けるのが常識ですが、「2」に関してはOK(結婚のお祝儀の場合だけ、2万円を包む際は3枚の紙幣(1万円札1枚+5千円札2枚。これは、1万円札2枚だと「分かれる=別れる」と不吉だから)で包むように、との決まりがありますが、それ以外のお祝儀なら問題ないはず)なので、中間の金額を取って2万円を包んではいかがでしょうか?^^