自分がNikonユーザーだからと言うのを差し引いても、レンズと画素センサー性能のバランスから言えばNikonがお薦めです。無駄に画素数を増やすのでなく、高感度耐性を考えた上での画素数なので他社と比較して高感度での撮影に強いのが特徴です。
また、故障が少ないというのもNikonの特徴ですね。私は銀塩(フィルム)の頃からNikonを使っていますが、8台のNikon一眼(デジタル含む)を使って故障らしい故障は1台だけが「フィルムカウンターのリセットが利かなくなった」だけです(撮影に特段の支障はきたさない) 現在持っている銀塩カメラ(NewFM2)も、20年以上自分で手入れしているだけでも何ともなく撮影出来ます。耐久性の高さは折り紙付きと言えます。
他には、APS-Cサイズの画素センサーの機種と35mmフィルムフルサイズの画素センサーの機種を選べます。もちろん、フルサイズは最も安い機種でも(ボディのみ)20万円台半ばにはなってしまいますが。
あとは、SONYはまぁまぁかな。SONYと言う事で耐久性に不安(SONYタイマー?)が無い訳ではないですが、カメラとしての出来はまずまず。元々がコニカミノルタ(旧ミノルタ)の「αシリーズ」をそっくり買い取ったものなので、開発陣もコニカミノルタから移籍しています。若干レンズは高くなりますが、ZEISSレンズの描写力は魅力的です。また、レンズについてはコニカミノルタブランドのαシリーズ用レンズもそのまま使えるので、ミノルタAF用というレンズを中古店などで探すことも可能です。
SONYもAPS-Cサイズの他に1機種ですがフルサイズ機があります。
ちなみに、Nikonデジタル一眼レフのCCDやCMOSセンサーは、仕様をNikonで設計してSONYが製造した物です。
Canonは、EOSになってからかなりひどくなってしまったと思います。EOS以前も「AE-1/AE-1P」「AL-1」「AV-1」「A-1」の「Aシリーズ」は100%の確率で「シャッター鳴き」が起きるカメラでした。それでもEOSよりは数段上です。唯一、「F-1」「NewF-1」だけはきちんとしたカメラでしたが、これはプロユースとも言えるカメラで、一般の写真愛好家が簡単に買える値段ではありませんでした(EOSデジタルで言えば「1Ds Mark III」みたいな物) CanonもNikonとSONY同様にAPS-Cサイズ機とフルサイズ機があります。が、致命的なトラブルを起こす事があるのでお薦めしません。運が良ければトラブル無しで使えるかもしれませんが、EOSはトラブルが起きることを前提に使うべきと思います。
何故にトラブルが多いのかは以下のリンク先の記事を読むとよく判ります。
「 http://www.toyokeizai.net/business/strategy/detail/AC/523d7307d7465dc8c5293f541b6a0e3c/ 」
===補足===
追記です。
カメラボディのデザインに関することを書かれている回答がありましたが、Nikonが「ジウジアーロのデザイン」なのは事実ですが、EOSは「ルイジ・コラーニのデザインではない」と言う点で間違いです。
コラーニがキヤノンと組んでデザインをしたのはMFの「Tシリーズ」と言うカメラの頃で、「T90」と言うモデルがコラーニデザインと言われています。しかし、実際にはコラーニのデザインでは「レンズ交換が前提」である一眼レフとしては成り立たない物(現在のネオ一眼デジタルカメラに近い)であったため、キヤノン案を主体に一部(ペンタカバー前面)だけコラーニ案を取り入れた物となりました。「T90」のデザインが「EOS 1」や、現在の「EOS 1D」「EOS 5D」との類似性があるためにコラーニデザインと思われているようですが、実際にはT90ですら「類似コラーニ(コラーニ的な)」くらいのデザインでしかありません。